目前，市直机关工委下辖基层党组织870个，由工委直接管辖的104个（其中：机关党委40个，党总支部20个，党支部44个），管理党员12761名。

   

   一、机关党委（40个）

   市纪检监察机关

   市人民政府办公室

   市人民检察院

   市中级人民法院

   北海海事法院

   市委党校

   市发展和改革委员会

   市教育局

   市工业和信息化委员会

   市公安局

   市民政局

   市司法局

   市财政局

   市人力资源和社会保障局

   市国土资源局

   市海洋与渔业局

   市住房和城乡建设局

   市城市管理局

   市规划局

   市交通运输局

   市水利局

   市农业局

   市林业局

   市商务局

   市文化新闻出版广电局

  市卫生和计划生育委员会

   市旅游发展委员会

   市行政审批局 

   市工商行政管理局 

   市质量技术监督局

   市供销合作社 

   市国家税务局

   市地方税务局

   北海出入境检验检疫局

   市气象局

   市烟草专卖局 

   北海海事局

  交通运输部南海航海保障中心北海航标处

   广西二七四地质队

  广西北海水文工程矿产地质勘察研究院

  

   二、党总支部（20个）

   市人大机关

   市政协机关 

   市委组织部 

   市委政法委 

   市科学技术局 

   市环境保护局 

   市人民防空办公室

   市投资促进局 

   市食品药品监督管理局

   市审计局

   市体育局

   市总工会

   共青团北海市委员会 

  市科学技术协会 

   北海日报社 

   市农业机械化管理局 

   市机关事务管理局 

   中国渔政广西壮族自治区支队

   广西海洋环境监测中心站 

   广西广播电视技术中心北海分中心

  

   三、党支部（44个）

   市委办公室 

   市委宣传部 

   市委统战部 

   市委机要局 

   市委政策研究室 

   市机构编制委员会办公室 

   市直属机关工委 

   市信访局

   市委老干部局 

   市法制办公室 

   市扶贫开发和水库移民工作局 

   市安全生产监督管理局 

   市统计局 

   市外事侨务和港澳事务办公室

   市人民政府国有资产监督管理委员会 

   市妇女联合会

   市残疾人联合会

   市归国华侨联合会 

   市工商业联合会 

   市文学艺术界联合会 

   市委党史研究室 

   市接待办公室

   市人民政府经济研究中心 

   市档案局 

   市地方志编纂委员会办公室 

   市地震局 

   市二轻城镇集体工业联合社    

   市北部湾经济区建设管理委员会 

   市广播电视大学

   市住房公积金管理中心 

   市政府采购中心 

   市人民政府土地房屋征收管理办公室

   国家统计局北海调查队

   北海渔业基地管理处 

   云南省人民政府驻广西办事处

   交通运输部南海救助局北海基地

   广西渔港监督局

   市无线电管理处

   北海福利综合服务中心

   北海复退军人医院

   北海食品药品检验所

   广西海洋研究所

   广西红树林研究中心

   北海海员国际俱乐部